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羟甲基化服务

2019-05-22点击81次
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羟甲基化概述

基因表观遗传学是指在不改变基因序列的情况下,发生了可遗传的变化。目前,对不同疾病研究发现,表观遗传修饰是基因调控过程的关键机制,它的异常变化往往与疾病的发生发展密切相关。5-甲基胞嘧啶(5-methylated  cytosine  5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)是重要的表观遗传学修饰,都参与了细胞重编程。已有研究发现5mC修饰在胚胎发育、基因组印记、基因沉默及基因表达中起了重要作用,而5hmC修饰作为一种重要癌症筛查标志物的研究,在最近几年才得到日益重视。

5hmC,作为5-甲基胞嘧啶(5mC)的氧化产物,是DNA甲基化修饰动态调控过程重要的中间产物。5hmC主要富集在基因的转录起始位点,转录终止位点和基因远端区域的上游和下游。已有研究报道5hmC与癌症、神经退行性疾病等有关。2017年,《Cell Research》上连续发表了两篇使用芝加哥大学何川教授设计并优化的5hmC富集测序技术,验证5hmC在肿瘤临床应用的文章。

检测方法

一步:5hmC信号捕获,通过化学标记捕获技术可特异性富集全基因组近2万个含有5hmC修饰的基因片段。

第二步:二代测序,对富集到的基因片段进行二代测序,获得全基因组5hmC的分布和含量。

第三步:生成数据与发送报告。

 

伯豪优势

上海伯豪生物本次推出的5-羟甲基化检测服务技术与何川教授发表在Nature Biotechnology上的技术一致。目前为止,该技术已经在10000+例样本上得到了应用。

技术文献应用

1.  Selective chemical labeling revealsthe genome-wide distribution of 5-hydroxymethylcytosine. NatureBiotechnology. IF=35.724

2.  A Highly Sensitive and Robust Methodfor Genome wide 5hmC Profiling of Rare Cell Populations. Molecular Cell. IF=14.2

3. 5-Hydroxymethylcytosine signatures incirculating cell-free DNA as diagnostic biomarkers for human cancers. CellResearch. IF=15.4

4. Circulating tumor DNA5-hydroxymethylcytosine as a novel diagnostic biomarker for esophageal cancer.Cell Research. IF=15.4

样本要求

样品类型:gDNA,组织,细胞

样品纯度:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间;RNA 应去除干净;

样品浓度:使用Qubit准确定量DNA浓度

样品总量:每个样品DNA起始总量不少于1ug

测序策略

数据量:15M reads/样本

测序方法:PE 38

分析展示