技术服务热线:800-820-5086 | 400-880-5086 登录 | 注册 ENGLISH

【联合大促】850K甲基化芯片和mRNA-seq联合大促

2019-05-22点击192次
分享:


√ 单个样本mRNA测序数据量不小于6G!
√ 促销活动仅限前300个样本,先到先得,促完即止!

√ 合同样本数超过30个,立享伯豪生物R语言培训班半价优惠!


伯豪生物优势:

√ 丰富的项目经验
√ 国际标准质控体系
√ 权威的分析算法
√ 分析周期5个工作日
√ 850k芯片起始量低至250ng DNA
√ mRNA测序起始量低至200ng RNA

联合分析展示:


图1.热图形式展示关联结果


图1 结合各样本的基因表达数据和CG/CHG/CHH层面的甲基化数据,进行关联展示,可以直接看出甲基化与基因表达之间的关系。

Kawakatsu T , Stuart T , Valdes M , et al. Unique cell-type-specific patterns of DNA methylation in the root meristem[J]. Nature Plants, 2016, 2(5):16058.


图2.散点图形式展示关联结果


图 2 甲基化与表达的关联分析。横坐标为组间位点的差异甲基化程度(Δβ)。纵坐标代表基因FPKM的倍数差异(可以取log2)。



图3.样本内所有基因的甲基化与表达的关联结果展示


图 3 样本(或组内)所有基因的甲基化与表达的相关性。横坐标代表基因FPKM的倍数差异(可以取log2(FPKM+1))。纵坐标为基因启动子区的甲基化程度均值。



图4.特定基因对应不同样本间RNA与甲基化的关联展示


图 4 以CDKN2A基因为例展示了原发癌、癌旁,转移三种类型样本中CDKN2A基因的甲基化与表达的相关性,图中不同颜色的点代表不同类型的样本,横坐标为对应样本该基因启动子区的甲基化程度(β),纵坐标为对应样本该基因的基因表达值(FPKM)。

Anonymous (2017) Comprehensive and Integrative Genomic Characterization of Hepatocellular Carcinoma. (Translated from eng) Cell 169(7):1327-1341 e1323 (in eng).